Se encuentra a una altitud sobre el nivel del mar de 200 mts. Su localización geográfica es por el Norte, Latitud 21° 08" 00"" y por el Oeste, Longitud de 98° 32" 18"".
Sus colindancias son Al Norte con los municipios de Huejutla y San Felipe Orizatlán, al Sur con el municipio de Huejutla, al Oeste con el municipio de San Felipe Orizatlán, al Este con el municipio de Huejutla.
El Municipio de Jaltocán ocupa una superficie de 38.4 kilómetros cuadrados, lo que significa el 0.2% de la superficie estatal.
Como características orográficas el Municipio de Jaltocán tiene una superficie abrupta ya que lo cruza la Sierra Madre Oriental, además de acantilados, cañadas y un valle que se localiza en el lado oeste del municipio.
Los ríos que cruzan principalmente el municipio son: de sur a norte el río Xiliant contribuyendo a la formación del río Jelta Cruz.
Así mismo cuenta con el río calabozo y dos arroyos, uno de ellos llamado Amiqueo.
Hay también seis manantiales en el pueblo y seis pozos con agua a dos metros a nivel del piso que abastece al municipio del vital liquido.
Lo cruzan a su vez el río Pánuco y el río Moctezuma.
Presenta la mayoría del año un clima cálido extremoso, registrando una temperatura media anual de 23°C y una precipitación pluvial de 1,750 milímetros por año.
Presenta una numerosa fauna compuesta por tigrillo, venado, gato montes, jabalí, armadillo, conejo y algunas aves de rapiña como halcón, además de reptiles como víbora de cascabel, coralillo; esta fauna proporciona características propias de la región serrana a la que pertenece el municipio.
Así mismo es común encontrar animales domésticos en la región, como perros, cerdos, vacas, gallinas, patos, guajolotes, caballos y burros.
Encontramos una flora compuesta por selva, bosques, pastizales y matorrales, que le da un atractivo natural de vegetación abundante.
Dentro de las cuales encontramos la acacia, totopo, guayacule, huizapole, coachapo, berenjena, acalama, corbata, zapote, capulín, limonaria. También podemos encontrar en este municipio hermosos árboles exóticos como son el naranjo, limón, chicozapote, papaya, guayaba, mango y piña.
Presenta una numerosa fauna compuesta por tigrillo, venado, gato montes, jabalí, armadillo, conejo y algunas aves de rapiña como halcón, además de reptiles como víbora de cascabel, coralillo; esta fauna proporciona características propias de la región serrana a la que pertenece el municipio.
Así mismo es común encontrar animales domésticos en la región, como perros, cerdos, vacas, gallinas, patos, guajolotes, caballos y burros.